Erhalt des Bundesverdienstkreuzes am Bande, 1987 (damals jüngster Träger in Bayern), Laudatio: Dr. Thomas Goppel, Ministerium für Kunst und Wissenschaft, München
Landespreis Baden-Württemberg für Heimatforschung (Pilzforschung), 2005
Erhalt des Anton-de-Bary-Preises 2005 der Universität Regensburg und der Regensburgischen Botanischen Gesellschaft (älteste botanische Gesellschaft der Welt)
Umweltpreis 2006 des Landkreises Günzburg
Adalbert-Ricken-Preis 1987 der Deutschen Gesellschaft für Mykologie (DGfM) e. V. (für Pilzforschung)
Manfred Enderle:
Gründer und Ehrenvorsitzender des Ulmer Pilzvereins „Arbeitsgemeinschaft Mykologie Ulm e. V.“
Ehrenmitglied des „Vereins für Naturwissenschaft und Mathematik in Ulm e. V“
Ehrenmitglied des Ravenna (Italien) Pilzvereins
Hauptansprechpartner der Giftnotrufzentrale München
Mitgründer des „Günzburger Literatur- und Autorenvereins“
