Erhalt des Bundesverdienstkreuzes am Bande, 1987 (damals jüngster Träger in Bayern), Laudatio: Dr. Thomas Goppel, Ministerium für Kunst und Wissenschaft, MünchenLandespreis Baden-Württemberg für Heimatforschung (Pilzforschung), 2005Erhalt des Anton-de-Bary-Preises 2005 der Universität Regensburg und der Regensburgischen Botanischen Gesellschaft (älteste botanische Gesellschaft der Welt)Umweltpreis 2006 des Landkreises Günzburg
Adalbert-Ricken-Preis 1987 der Deutschen Gesellschaft für Mykologie (DGfM) e. V. (für Pilzforschung)
Manfred Enderle:
Ehrenvorsitzender des Ulmer Pilzvereins AMU e. V.
Ehrenmitglied des Vereins für Naturwissenschaft und Mathematik in Ulm e. V.
Ehrenmitglied des Ravenna (Italien) Pilzvereins
Hauptansprechpartner der Giftnotrufzentrale München
